Bioindikatori su živi organizmi, kao što su lišajevi, ptice, insekti i bakterije, koji se koriste za prikaz stanja životne sredine.  Ovi organizmi služe za monitoring koji može ukazivati na probleme u ekosistemu. Promene mogu biti hemijske, psihičke ili promene u ponašanju. Svaki organizam u ekosistemu ima mogućnost da utiče na stanje životne sredine. Zato se bioindikatori koriste da detektuju promene u životnoj sredini, prikažu prisustvo zagađivača i njihove efekte na ekosistem. Specifične psihološke promene bioindikatora se koriste da prikažu promene u zdravlju životne sredine. Ove promene su specifične za svakog pojedinca.

Bioindikacija je moguća na svim nivoima organizacije živih sistema:

  • molekularnom,
  • biohemijsko–fiziološkom,
  • celularnom,
  • individualnom,
  • populacionom,
  • specijskom,
  • biocenološkom,
  • biomskom i
  • biosfernom.

Bioindikatori se koriste da detektuju promene u životnoj sredini, prikažu prisustvo zagađivača i njihove efekte na ekosistem u kom organizam živi, ukažu na prisustvo kontaminata u pijaćoj vodi i drugim prirodnim supstancama.

Prednost biološke indikacije u odnosu na fizičko-hemijske metode praćenja zagađivanja životne sredine leži u činjenici da živi organizmi mogu da pokazuju efekat akumulacije zagađujućih materija u toku dužeg vremenskog perioda. S druge strane, fizičko-hemijske motode daju tačnije podatke, ali su one dostupne samo u tačno određenom trenutku vremena.

Tipovi bioindikatora:

  • mikrobski bioindikatori,
  • biljni bioindikatori,
  • životinjski bioindikatori.

Mikrobski indikatori – Mikroorganizmi mogu biti korišćeni kao pokazivači zdravlja vodenih ili kopnenih ekosistema. S obzirom na njihovu brojnost, lakše ih je uzorkovati nego neke druge organizme. Neki mikroorganizmi, kada su izloženi otrovnim materijama, kao što su kadmijum ili benzol, proizvode vrstu proteina, nazvanu stres protein. Ovi proteini predstavljaju signal upozorenja.
Mikrobski indikatori se mogu koristiti, na primer, za testiranje vode. Za to se koristi bioluminiscentna bakterija. Ukoliko postoje određeni toksini u vodi, metabolizam ove bakterije će biti zaustavljen ili uništen. Ovo utiče na količinu svetlosti koju ova bakterija emituje. Za ovaj test je potrebno svega 5-30 min. Ipak, on samo pokazuje prisustvo otrova, koji je doveo do promene u organizmu;

Biljni indikatori – Na osnovu prisustva ili odsustva nekih biljaka i drugih vrsta vegetativnog života u ekosistemu, možemo doneti važne zaključke o zdravlju životne sredine. Lišajevi su organizmi koji se sastoje od algi i gljiva, mogu se naći na stenovitim površinama i stablima drveća. Oni reaguju na promene životne sredine u šumama, uključujući i promene u
samoj strukturi, kvalitetu vazduha, kao i u klimi. Nestanak lišajeva u šumama može ukazivati na dramatične promene životne sredine, kao što su visok nivo sumpor-dioksida.

Životinjski indikatori – Povećanje ili smanjenje broja životinja može ukazivati na poremećaje ekosistema izazvane zagađenjem. Ukoliko bi, na primer, neki važni izvori hrane bili zagađeni, smanjio bi se broj životinja kod vrsta koje zavise od tih izvora. Pored veličine i broja određenih vrsta, posmatra se i koncentracija toksina u tkivu, kao i stopa povećanja deformiteta kod životinja.
I beskičmenjaci mogu biti bioindikatori. Vodeni beskičmenjaci žive u dubljim delovima vode. Oni predstavljaju veoma dobre indikatore zdravlja vodenih područja, pre svega zato što ih je lako indentifikovati u laboratoriji, često žive duže od jedne godine, imaju ograničenu pokretljivost, i odslikavaju uslove životne sredine. Takođe, i žabe mogu biti indikatori kvaliteta životne sredine, i promena u njoj; njih najpre
pogađaju promene kako u kopnenim, tako i u vodenim staništima, i najčešće su izložene otrovnim supstancama u vazduhu, vodi i zemljišnim talozima. Postoji nekoliko razloga zbog kojih su žabe posebno izložene promenama i otrovnim supstancama: kao vodena jajašca i larve, većinu vremena provode u vodi; kao odrasle jedinke, najviše vremena provode van vode; ležu nezaštićena jaja i imaju polupropusnu kožu.