Биоиндикатори су живи организми, као што су лишајеви, птице, инсекти и бактерије, који се користе за приказ стања животне средине.  Ови организми служе за мониторинг који може указивати на проблеме у екосистему. Промене могу бити хемијске, психичке или промене у понашању. Сваки организам у екосистему има могућност да утиче на стање животне средине. Зато се биоиндикатори користе да детектују промене у животној средини, прикажу присуство загађивача и њихове ефекте на екосистем. Специфичне психолошке промене биоиндикатора се користе да прикажу промене у здрављу животне средине. Ове промене су специфичне за сваког појединца.

Биоиндикација је могућа на свим нивоима организације живих система:

  • молекуларном,
  • биохемијско–физиолошком,
  • целуларном,
  • индивидуалном,
  • популационом,
  • специјском,
  • биоценолошком,
  • биомском и
  • биосферном.

Биоиндикатори се користе да детектују промене у животној средини, прикажу присуство загађивача и њихове ефекте на екосистем у ком организам живи, укажу на присуство контамината у пијаћој води и другим природним супстанцама.

Предност биолошке индикације у односу на физичко-хемијске методе праћења загађивања животне средине лежи у чињеници да живи организми могу да показују ефекат акумулације загађујућих материја у току дужег временског периода. С друге стране, физичко-хемијске мотоде дају тачније податке, али су оне доступне само у тачно одређеном тренутку времена.

Типови биоиндикатора:

  • микробски биоиндикатори,
  • биљни биоиндикатори,
  • животињски биоиндикатори.

Микробски индикатори – Микроорганизми могу бити коришћени као показивачи здравља водених или копнених екосистема. С обзиром на њихову бројност, лакше их је узорковати него неке друге организме. Неки микроорганизми, када су изложени отровним материјама, као што су кадмијум или бензол, производе врсту протеина, названу стрес протеин. Ови протеини представљају сигнал упозорења.
Микробски индикатори се могу користити, на пример, за тестирање воде. За то се користи биолуминисцентна бактерија. Уколико постоје одређени токсини у води, метаболизам ове бактерије ће бити заустављен или уништен. Ово утиче на количину светлости коју ова бактерија емитује. За овај тест је потребно свега 5-30 мин. Ипак, он само показује присуство отрова, који је довео до промене у организму;

Биљни индикатори – На основу присуства или одсуства неких биљака и других врста вегетативног живота у екосистему, можемо донети важне закључке о здрављу животне средине. Лишајеви су организми који се састоје од алги и гљива, могу се наћи на стеновитим површинама и стаблима дрвећа. Они реагују на промене животне средине у шумама, укључујући и промене у
самој структури, квалитету ваздуха, као и у клими. Нестанак лишајева у шумама може указивати на драматичне промене животне средине, као што су висок ниво сумпор-диоксида.

Животињски индикатори – Повећање или смањење броја животиња може указивати на поремећаје екосистема изазване загађењем. Уколико би, на пример, неки важни извори хране били загађени, смањио би се број животиња код врста које зависе од тих извора. Поред величине и броја одређених врста, посматра се и концентрација токсина у ткиву, као и стопа повећања деформитета код животиња.
И бескичмењаци могу бити биоиндикатори. Водени бескичмењаци живе у дубљим деловима воде. Они представљају веома добре индикаторе здравља водених подручја, пре свега зато што их је лако индентификовати у лабораторији, често живе дуже од једне године, имају ограничену покретљивост, и одсликавају услове животне средине. Такође, и жабе могу бити индикатори квалитета животне средине, и промена у њој; њих најпре
погађају промене како у копненим, тако и у воденим стаништима, и најчешће су изложене отровним супстанцама у ваздуху, води и земљишним талозима. Постоји неколико разлога због којих су жабе посебно изложене променама и отровним супстанцама: као водена јајашца и ларве, већину времена проводе у води; као одрасле јединке, највише времена проводе ван воде; лежу незаштићена јаја и имају полупропусну кожу.